我們可以將PCR儀分為：梯度PCR儀，原位PCR儀，實時熒光定量PCR儀，普通PCR儀四類：
一、梯度PCR儀：把一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件，通常12種溫度梯度，稱為梯度PCR儀。
主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節約成本的同時也節約了時間。它主要用于科研，教學機構。
二、原位PCR儀：用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀，如病源基因在細胞的位置或目的基因在細胞內的作用位置等。原位PCR儀不但可以檢測到靶DNA，又能標出靶序列在細胞內的位置，于分子和細胞水平上研究疾病的發病機理和臨床過程及病理的轉變有重大的實用價值。
三、實時熒光定量PCR儀：在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，就成了熒光定量PCR儀。其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增，該儀器主要用于醫學臨床檢測，生物醫藥研發，食品行業，科研院校等機構。
四、普通的PCR儀：把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，叫傳統的PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。該儀器主要應用于科研研究，教學，醫學臨床，檢驗檢疫等機構。
