DNA測序儀目前主要供研究之用，是生物學家們所能購買的較為昂貴儀器之一，然而，在美國政府削減研究經費且未來的經費前景也不容樂觀之際，許多研究機構正暫緩購置設備，儀器生產商受到重創。 據《自然》雜志在線新聞報道，在經歷了2011年第三季度市場銷售下滑后，許多測序儀制造商開始裁員和削減成本，同時寄希望于醫學診斷需求的擴大能有助于市場的繁榮。
迄今為止，DNA測序儀制造商或測序服務在美國的主要用戶是受政府資助的研究人員，特別是獲國立衛生研究院（NIH）資助的研究人員。然而，盡管NIH在2011年的預算只比2010年少1%，分析家們預測政府在2012年和2013年的預算還會有更大幅削減，對測序儀市場產生沖擊。
由于擔心政府資金減少，研究機構將更謹慎地開銷。日前由在線出版物基因組網和東京投資銀行瑞穗證券發布的報告指出，在接受調查的94位基因組科學家中，58%的人表示他們因經費緊縮而推遲購買儀器;42%的人表示在未來1年里不會購買新DNA測序儀。
位于加州卡爾斯巴德的生命技術公司表示，得益于離子洪流機器的強勁銷售，公司2011年第三季度的銷售比2010年同期增加7%，但考慮到未來的困難，公司仍計劃裁員并削減成本。今年9月，位于加州門洛帕克的太平洋生物科學公司被迫裁減28%的員工，約130人，并降低其2011年的收益預測。
新一代基因組測序儀可應用于臨床遺傳風險的篩選和遺傳疾病的診斷。在現實令人憂心、未來不容樂觀的情形下，許多測序公司將目光對準了生物醫學的新市場。比如，熒光公司設立了商業部，促進其工具在臨床診斷中的應用。與此同時，生命技術公司宣布將推出一項幫助預測患者對一種新癌癥藥物個體反應的基因試驗，該藥由總部位于英國的制藥公司葛蘭素史克研制，已進入第三期臨床試驗;生命技術公司還表示將在俄羅斯開展一個900萬美元的醫學分析儀器系統銷售計劃。 
